Gregorio IX fue muy severo contra los herejes, quien en esos
tiempos fueron mirados universalmente como traidores y
acordadamente castigados. Sobre la demanda del rey Luis IX de Francia, el envio al Cardenal Romano como delegado, para asistir al rey
en su cruzada contra los Albigenses. En este sínodo que el delegado papal
convino en Toulouse en Noviembre de 1229, el fue decretado que todas las
herejías y sus promovedores deberían ser mandados a los nobles y magistrados
para su debido castigo, que en caso, de obstinación, fue usualmente muerte.
Cuando en 1224 Federico II ordeno que los herejes en Lombardía debieran ser
quemados en la estaca, Gregorio IX, quien fue entonces delegado papal para
Lombardía, aprobó y publico la ley imperial. Durante su ausencia reforzó para
Roma (1228-1232) los herejes quedaban tranquilos y se volvían muy numerosos en
la ciudad. En febrero 1231, de ahí el Papa ordeno una ley para Roma que herejes
condenados por una corte eclesiástica, deberían ser remitidos al poder secular
para recibir su “debido castigo” Este “debido castigo” fue muerte por fuego por
la obstinación y prisión de por vida para la penitencia. En seguimiento de esta
ley un numero de Patarini fueron arrestados en Roma en 1231, la obstinación fue
quemar en la estaca, los oros fueron puestos en prisión en los monasterios
Benedictinos del Monte Casino y Cava (Ricardo de S. Germano, en el año 1231, in
Mon. Germ SS XIX 363) No debe ser pensado sin embargo que Gregorio IX,
distribuyo más severamente con herejías que otras reglas hicieron. Muerto por
fuego fue el común castigo para los herejes y traidores en esos tiempos. Más
allá del tiempo de Gregorio IX, el deber de buscar herejes perteneció a los
obispos en sus respectivas diócesis. El así llamado inquisición monástica fue
establecida por Gregorio IX, quien en sus Bulas de 13, 20 y 22 de abril de
1233, señalo los dominicanos como inquisidores oficiales para toda diócesis de
Francia (Ripoil y Bremond, “Bullarium Ordinia Fratrum Praedicatorum” Roma 1729 I, 47)